Diktatur und Zweiter Weltkrieg

1933 war man nicht in der Lage den Titel zu verteidigen, nachdem man beide Spiele gegen den TSV 1860 München um die Süddeutsche Meisterschaft verlor. Nach der NS-Übernahme der Regierungsgewalt und der Machtergreifung unter der Führung Adolf Hitlers musste Präsident Kurt Landauer auf Grund seiner jüdischen Abstammung auf politischen Druck hin im selben Jahr zurücktreten. Trainer Dombi, ebenfalls jüdischer Abstammung, wechselte kurz darauf in die Schweiz. Der FC Bayern war, im Gegensatz zum Rivalen 1860 München, bei den neuen Machthabern wegen Landauer und Dombi als „Judenclub“ verpönt. Erst Anfang 1943 konnte mit Josef Sauter ein NSDAP-Mitglied als Präsident im Verein eingesetzt werden, die Unterstützung einzelner Spieler für Landauer bei einem Gastspiel in der Schweiz hatte weitere Repressalien zur Folge. Zudem verließ auch Oskar Rohr den Verein, um Profispieler bei den Grasshoppers Zürich zu werden. Neuer Trainer wurde  Hans Tauchert, der aber nicht an die alten Erfolge anknüpfen konnte und bereits 1934 durch Ludwig Hofmann ersetzt wurde. Hofmann verstarb aber bereits kurze Zeit später an einer Halserkrankung und Richard Michalke übernahm das Amt des Trainers. Damit war die Talfahrt allerdings noch nicht beendet und so stand man im Jahre 1939 kurz vor dem ersten Abstieg in der Geschichte des Vereins, konnte die Klasse jedoch gerade noch halten. Im Verlauf des Krieges wurden die Gauligen weiter regionalisiert, um die Wege für die Vereine für Auswärtsspiele möglichst kurz zu halten. Waren die Bayern anfangs in der Gauliga Bayern, spielten sie anschließend in der Gauliga Südbayern, die durch die Aufteilung der Gauliga Bayern entstand. Kurz vor Ende des Krieges spielte man in der Gauliga München-Oberbayern. Im Jahre 1944 konnten  Die Roten  wieder eine Süddeutsche Meisterschaft gewinnen und qualifizierten sich so erneut für die Endrunde um die Deutsche Meisterschaft. Bereits im Achtelfinale verlor man jedoch nach Verlängerung gegen den VfR Mannheim. Am 13. Juli desselben Jahres wurden die Geschäftsstelle und ein Teil des Archivs bei Bombenangriffen zerstört. Im darauffolgenden Jahr qualifizierte man sich unter Spielertrainer Konrad Heidkamp erneut für die Endrunde um die Deutsche Meisterschaft. Die Endrunde wurde im Jahr des Endes des Zweiten Weltkriegs jedoch nicht ausgetragen. Da das Stadion an der Grünwalder Straße bei Bombenangriffen 1943 zerstört und erst im August 1945 wieder freigegeben wurde, trug der FC Bayern seine Spiele in diesen Jahren im Dantestadion (1943–1944), auf dem Platz an der Schlierseestraße (1944–1945) und auf dem Sportplatz der Hypobank an der Grünwalder Straße (1945) aus.