Die ersten Jahre in der Bundesliga

Vor der ersten Bundesligasaison der Bayern schimpfte Cajkovski, dass er keine fertigen Spieler habe und zufrieden wäre, wenn man die Klasse halten würde. Doch die Mannschaft sollte ihn Lügen strafen. Die Bayern starteten gleich voll durch. Auch wenn man am ersten Spieltag im Derby gegen den TSV 1860 mit 0:1 als Verlierer vom Platz ging, so standen die Bayern am 4. Spieltag das erste Mal an der Tabellenspitze der Fußball-Bundesliga. Zwar konnte diese nicht gehalten werden, aber das prestigeträchtige Rückspiel gegen den Lokalrivalen TSV 1860 konnte mit 3:0 gennen werden, und am Ende belegte man einen mehr als beachtlichen 3. Tabellenplatz. Es war das einzige Mal in der Geschichte der Bundesliga, dass beide Teams aus München am Ende einer Saison unter den ersten Drei standen. Platz drei in der Liga war den Bayern allerdings längst nicht genug. Es gelang ihnen zum 2. Mal in der Vereinsgeschichte den DFB-Pokal zu holen. Nach einem klasse Spiel gegen den  Meidericher SV behielten die Bayern mit 4:2 die Oberhand und brachten den Pokal nach Hause. Sepp Maier sagte nach dem Spiel: „Hoaß war’s, gschwitzt hamma, und gwunna a no. Grad sche war’s!“ 1966 kamen damit sowohl der Meister der Bundesliga als auch der Pokalsieger aus München. In der nächsten Saison, 1966/67, blieb das Team nahezu unverändert. Einzig Franz „Bulle“ Roth kam aus Kaufbeuren hinzu. Nach dem Auftritt im inoffiziellen Messestädte-Pokal spielte der FC Bayern erstmals in einem von der UEFA durchgeführten internationalen Wettbewerb, dem Europapokal der Pokalsieger. Diese Saison wurde zum ersten großen Triumphzug der Bayern auf europäischer Bühne. Über Tatran Prešov, die Shamrock Rovers, SK Rapid Wien]  und  Standard Lüttich  erreichte der FC Bayern völlig überraschend das Finale, das fast zu einem Heimspiel mutierte, da es in Nürnberg  stattfand. An gleicher Stelle hatten die Bayern schon 35 Jahre zuvor den ersten wichtigen Titel für den Verein gewinnen können.  Vor 71.000 Zuschauern erzielte Bulle Roth in derVerlängerung (108. Minute) das 1:0 für die Münchner. Gegner im Finale waren die Glasgow Rangers, die zuvor im Achtelfinale den Titelverteidiger Borussia Dortmund  aus dem Wettbewerb geworfen hatten. Roth, der Schütze zum einzigen Tor im Finale, hatte zwei Jahre zuvor noch in  der C-Klasse beim TSV Bertoldshofen gespielt und erzielte jetzt das entscheidende Tor zum ersten internationalen Titel des FC Bayern  München. Nach Borussia Dortmund im Jahr zuvor gewann damit erneut ein deutscher Verein den Pokal der Pokalsieger. Die reguläre Bundesliga-Saison schloss der FC Bayern zwar nur auf Platz sechs ab, jedoch konnte man den DFB-Pokal erfolgreich verteidigen.  Auch dieses Finale fand nicht weit von München entfernt statt. In Stuttgart sahen 68.000 Zuschauer den erneuten Pokaltriumph der Bayern.  Mit 4:0, durch Tore von Müller (2), Ohlhauser und Brenninger (je 1), hatte der Hamburger SV  mit  Uwe Seeler  keine Chance. Dies war der dritte Pokalerfolg innerhalb von 12 Monaten. Franz Beckenbauer wurde das erste Mal in seiner noch jungen Karriere zum „Fußballer des Jahres (Deutschland)“ gewählt. Die darauf folgende Saison 1967/68 war nicht das Jahr der Bayern. Im Halbfinale des Europapokals der Pokalsieger 1967/68 scheiterte man am späteren Sieger AC Mailand, im DFB-Pokal 1968 warf der damalige Regionalligist VfL Bochum den Titelverteidiger im Halbfinale aus dem Wettbewerb. Die Bundesliga schloss man nur als Fünfter ab. Viel wichtiger aber war wohl, dass man erstmals in der Geschichte der Bundesliga am Erzrivalen TSV 1860 vorbeizog und zwar sowohl in der Tabelle als auch in der Gunst der Zuschauer in München. War vorher der TSV der größere von beiden Münchner Vereinen, so hat der FC Bayern München ihn jetzt überholt. Und daran änderte sich bis heute nichts. Tschik Cajkovski verließ 1968 nach fünf erfolgreichen Jahren den Verein Richtung Hannover 96. Für ihn kam Branko Zebec. Mit ihm kamen auch Gustl Starek und Peter Pumm. Beide sollten sich in Zukunft als tragende Säulen seines Konzepts, das auf eine starke Defensive setzte, erweisen. Sein Rezept ging auf und die Bayern gewannen zum ersten Mal in der Vereinsgeschichte das Double aus Meisterschaft und Pokal. Gleichzeitig gelang zum ersten Mal seit 1937 wieder einem Verein das Double (damals dem FC Schalke 04). Eben jenen FC Schalke bezwang man im Pokalendspiel mit 2:1. Vor dem Spiel nahm Gerd Müller die Ehrung für den „Fußballer des Jahres“ entgegen und Branko Zebec holte in seinem ersten Jahr als Trainer gleich Meisterschaft und Pokal.