Nationale Dominanz im ersten Jahrzehnt des neuen Jahrtausends
In der Folgesaison gelang es dem FC Bayern, den Titel in der Bundesliga zu verteidigen; im DFB-Pokal scheiterte man bereits in der zweiten Runde im Elfmeterschießen am 1. FC Magdeburg. Dafür gelang es 25 Jahre nach dem letzten Sieg im Europapokal der Landesmeister und zwei Jahre nach dem dramatischen Endspiel in Barcelona, diesen Pokal zum 4. Mal zu gewinnen. Als Initialzündung für diesen Erfolg gilt das vorletzte Spiel der zweiten Gruppenphase bei Olympique Lyon. Der FC Bayern hatte nach einer schwachen Leistung mit 0:3 verloren, was Präsident Franz Beckenbauer beim Mitternachtsbankett zu einer berühmt gewordenen Wutrede („Uwe-Seeler-Traditionsmannschaft“) veranlasste. Die Rede zeigte Wirkung, die folgenden fünf Champions-League-Spiele (gegen Arsenal London, Manchester United und Real Madrid) wurden allesamt gewonnen und so stand man schließlich im Finale der Champions League, das man im Mailänder San Siro Giuseppe-Meazza-Stadion mit 5:4 im Elfmeterschießen gegen den FC Valencia gewann. Der Held der Partie war wieder einmal Torhüter Oliver Kahn, der drei Elfmeter parierte. Kahn hatte zuvor im Laufe der Saison schon häufig geglänzt, besonders im Halbfinalhinspiel gegen Real Madrid im Santiago-Bernabéu-Stadion. Einige Tage zuvor war es in der Bundesliga zum Duell um die Meisterschaft gekommen. Bis zum 33. Spieltag war der FC Schalke 04 Tabellenführer. Dann verloren die Knappen ihr Spiel beim VfB Stuttgart durch ein Tor in der 90. Minute mit 0:1. Nur wenige Sekunden später erzielte Alexander Zickler den 2:1-Siegtreffer für den FC Bayern gegen den 1. FC Kaiserslautern. Schalke musste am 34. Spieltag gegen Unterhaching unbedingt gewinnen und auf eine Niederlage der Münchner im Hamburg hoffen, um doch noch Meister zu werden. Der FC Schalke gewann sein Spiel mit 5:3. Zeitgleich blieb die Partie in Hamburg lange torlos, doch in der 90. Minute ging der HSV durch einen Kopfball von Sergej Barbarez mit 1:0 in Führung. Nach Gelsenkirchen, wo Schalkes Spiel bereits abgepfiffen war, drang die Nachricht, dass das Spiel in Hamburg aus sei und Bayern verloren habe, jedoch wurden im Parkstadion plötzlich Live-Bilder aus Hamburg auf der Anzeigetafel gezeigt. Dort war zu sehen wie es für die von Oliver Kahn nach vorne gepeitschten Bayern in der 4. Minute der Nachspielzeit einen indirekten Freistoß im HSV-Strafraum gab, da der Torwart des HSV, Mathias Schober, einen Rückpass mit den Händen aufgenommen hatte. Stefan Effenberg nahm sich des Freistoßes an, legte den Ball auf Patrik Andersson vor und dieser schoss den Ball durch die Mauer ins Tor zum 1:1-Endstand. Somit wurde Bayern in der wohl dramatischsten Entscheidung der Bundesligageschichte erneut Meister; Torschütze Andersson verließ Bayern nach Ende der Saison zum FC Barcelona. Die Saison 2001/02 verlief zunächst weniger erfolgreich. Schon die ersten Entscheidungen konnte der FC Bayern nicht für sich entscheiden. Man verlor im Ligapokal und im europäischen Supercup in Monaco mit 2:3 gegen den FC Liverpool. Am 27. November 2001 wurde in Tokio mit einem 1:0 nach Verlängerung gegen die CA Boca Juniors zum zweiten Mal nach 1976 der Weltpokal gewonnen. Schütze des Siegtores war Samuel Kuffour. Dies sollte jedoch der einzige Titel der Saison bleiben. In der Bundesliga erreichte man hinter Borussia Dortmund und Bayer Leverkusen nur Platz drei, in der Champions League war im Viertelfinale gegen Real Madrid und im DFB-Pokal im Halbfinale bei Schalke 04 Schluss. Stefan Effenberg verließ den FC Bayern nach der Saison. Für ihn kam Michael Ballack, der in der abgelaufenen Saison mit Leverkusen jeweils den zweiten Platz in der Bundesliga, im DFB-Pokal und in der Champions League erreichte. Zudem wechselte dessen Mannschaftskollege Zé Roberto zu den Bayern. Ein weiterer Neuzugang war Sebastian Deisler, der allerdings nach einer Verletzung gleich zu Beginn für lange Zeit ausfiel. In der Champions-League-Saison 2002/03 gab es für die Bayern nichts zu gewinnen. Aus sechs Spielen konnte man nur zwei Punkte durch die beiden Unentschieden gegen den RC Lens erringen. Gegen den AC Mailand und Deportivo La Coruña setzte es je zwei Niederlagen. Besonders ein Spieler erwies sich dabei für Deportivo als sicherer Schütze und bezwang Oliver Kahn in zwei Spielen vier Mal: Roy Makaay]. Im Sommer 2003 wechselte dieser dann für die damalige Rekordsumme von 18,7 Millionen Euro zum FC Bayern München. Die Saison 2002/2003 verlief national jedoch erfolgreich und in der Bundesliga erreichte Bayern am Ende einen Vorsprung von 16 Punkten auf den zweitplatzierten VfB Stuttgart. Zudem gelang erneut der Sieg im DFB-Pokal. Mit 3:1 besiegte man im Finale den 1. FC Kaiserslautern und erreichte so erneut das Double. In der Saison gab Bastian Schweinsteiger seinen Einstand bei den Profis des FC Bayern beim Champions-League-Heimspiel gegen den RC Lens. Im Frühjahr 2003 kam mit der Kirch-Affäre der wohl größte Skandal der Vereinsgeschichte ans Licht.
Vor der Saison 2003/04 wechselte Martín Demichelis von River Plate Buenos Aires zum FC Bayern. In dieser Saison waren die Münchner gegen den blendend aufspielenden späteren Meister Werder Bremen mit einem starken Ailton jedoch nicht in der Lage, den Titel zu verteidigen. So blieb am Ende als Zweiter immer noch die direkte Qualifikation zur Champions League im darauffolgenden Jahr. 2003/04 reichte es dort nur zum Achtelfinale, in dem man wie zwei Jahre zuvor gegen Real Madrid ausschied. Im DFB-Pokal war im Viertelfinale bei Alemannia Aachen Endstation. Zum Ende der Saison löste der FC Bayern den Vertrag mit Trainer Hitzfeld, der noch bis Mitte 2005 datiert war, vorzeitig auf. Für ihn kam in der Folgesaison Felix Magath vom VfB Stuttgart. Mit ihm kam der an die Schwaben ausgeliehene Philipp Lahm zurück an die Säbener Straße. Zudem gelang es den Bayern Lúcio von Bayer Leverkusen für die neue Saison zu verpflichten. Der neue Trainer hatte auf Anhieb Erfolg mit den Bayern. So gelang es erneut, das Double zu holen. In der Bundesliga zog man zum Ende der zweiten Saisonhälfte einsam seine Kreise und hatte zum Schluss 77 Punkte auf dem Konto und 14 Punkte Vorsprung auf den Tabellenzweiten, den FC Schalke 04, der die Bayern in der Bundesligasaison zweimal schlagen konnte. Dabei hatte Schalke nach dem 25. Spieltag und dem 1:0-Heimsieg noch einen Drei-Punkte-Vorsprung vor den Münchnern, konnte diesen jedoch nicht behaupten und verlor in der Folgezeit 17 Punkte in neun Spielen auf die Bayern. Beide Mannschaften standen sich auch im Finale des DFB-Pokals gegenüber, das die Münchner etwas glücklich aber verdient mit 2:1 für sich entscheiden konnten. In der Champions League mussten die Bayern im Viertelfinale gegen den FC Chelsea die Segel streichen. Zum Ende der Saison bestritt man das letzte Bundesligaspiel im Olympiastadion München. Es wurde mit 6:3 gegen den 1. FC Nürnberg gewonnen und so endete die Ära in diesem Stadion mit der deutschen Meisterschaft, wie sie schon 1971/72 begonnen hatte.
Mit der neuen Saison 2005/06 zogen die Bayern in die neu gebaute Allianz Arena um. Und diese wurde so erfolgreich fortgesetzt, wie die Vorsaison endete. In seiner zweiten Saison beim FC Bayern schaffte Magath dabei ein Novum. Unter ihm gelang es dem FC Bayern, als erste deutsche Mannschaft im Fußball der Männer das Double zu verteidigen. Dabei setzte man sich in der Bundesliga am Ende vor Werder Bremen und dem HSV durch. Im Endspiel um den DFB-Pokal bezwang man Eintracht Frankfurt mit 1:0 durch ein Tor von Claudio Pizarro. In der Champions League war im Achtelfinale Schluss. Dabei war man nach einem 1:1 im Hinspiel gegen den AC Mailand im Rückspiel in Italien chancenlos und verlor mit 1:4. Ende der Saison lief der Vertrag von Michael Ballack aus. Bayern machte ihm ein Angebot über 36 Millionen Euro für einen neuen vier Jahre laufenden Vertrag, doch nach langer Überlegung lehnte der Nationalspieler ab und wechselte ablösefrei zum FC Chelsea. Nach der Saison beendete Bixente Lizarazu seine Karriere beim FC Bayern. Für die wurde kein neuer Spielmacher geholt. Allerdings konnten Lukas Podolski und Mark van Bommel verpflichtet werden. Die dritte Saison beim FC Bayern verlief für Magath dann weniger erfolgreich. Wie drei Jahre zuvor scheiterte man dieses Mal schon im Pokal-Achtelfinale an Alemannia Aachen. Einer der Torschützen für Aachen war Jan Schlaudraff, der im folgenden Sommer zu den Bayern wechseln sollte. Zudem drohte man in der Bundesliga nur auf Platz vier liegend, die Qualifikation zur Champions League zu verpassen. Deshalb reagierte man beim FC Bayern und holte einen alten Bekannten als Trainer zurück. Am 31. Januar 2007 wurde Felix Magath nach zwei Double-Gewinnen in Folge durch seinen Vorgänger Ottmar Hitzfeld ersetzt. Doch auch er konnte die Qualifikation zur Champions League nicht erreichen und man blieb auf dem vierten Platz, der schlechtesten Platzierung der Bayern der letzten 12 Jahre. In der Champions League selbst war erneut gegen den AC Mailand Endstation, diesmal im Viertelfinale. Man hatte sich zwar mit einem 2:2 in Mailand eine gute Ausgangsposition für das Rückspiel im eigenen Stadion erarbeitet, konnte dort allerdings nicht gegenhalten und verlor mit 0:2. Durch dieses Ausscheiden und Platz vier in der Liga war man für die nächste Saison erstmals seit der Saison 1996/97 nicht für die Champions League qualifiziert und musste mit dem Europa League vorliebnehmen. Nach dieser Saison beendete Mehmet Scholl seine lange Karriere beim FC Bayern. Zuvor hatte schon Sebastian Deisler im Januar aufgrund seiner vielen Verletzungen sein Karriereende bekanntgegeben. Um eine Saison wie die des Vorjahres nicht erneut zu erleben, investierten die Bayern in der Vorbereitung zur neuen Saison 2007/08 eine Rekordsumme von rund 70 Millionen Euro. Dabei wurden alleine 25 Millionen Euro für Franck Ribéry von Olympique Marseille und 12,5 Millionen Euro für Luca Toni vom AC Florenz ausgegeben. Als dann neben der schon bekannten Verpflichtung von Jan Schlaudraff mit Miroslav Klose auch noch ein dritter neuer Stürmer eingekauft wurde, erbat Roy Makaay seine Freigabe und wechselte zu Feyenoord Rotterdam. Zudem wechselte Hasan Salihamidžzu Juventus Turin. Vereinseigengewächs Owen Hargreaves, der schon lange Ambitionen für die Premier League geäußert hatte, wechselte für eine Ablösesumme von 25 Millionen Euro zu Manchester United. Neben den oben genannten Spielern wechselte auch Hamit Altıntop von Schalke 04 zu den Bayern. Die hohen Investitionen lohnten sich und Bayern gelang in dieser Saison der fünfte Doublegewinn in einem Jahrzehnt und der siebte Doublegewinn überhaupt. Dabei wurde den Zuschauern auch spielerisch ein erfrischender Fußball geboten, bei dem vor allem Ribéry seine usgezeichnete Technik unter Beweis stellte. Die Saison selbst verlief recht einseitig. Mit einem Start-Ziel-Sieg erreichte der FC Bayern am Ende einen Vorsprung von zehn Punkten auf Werder Bremen. Im DFB-Pokalfinale wurde Borussia Dortmund mit 2:1 nach Verlängerung besiegt. Im UEFA-Pokal schaffte man es bis ins Halbfinale und musste sich dort dem späteren Gewinner Zenit Sankt Petersburg nach einem 1:1 im Hinspiel in München mit 0:4 in St. Petersburg geschlagen geben. Neben der herben Halbfinalpleite blieb dabei besonders das Viertelfinalrückspiel in Getafe in Erinnerung. Nach einem 1:1 im Hinspiel in München musste man beim FC Getafe antreten. Nachdem es lange 1:0 für die Gastgeber stand, konnte Ribéry den Rückstand in der 89. Minute ausgleichen. Dadurch kam es zur Verlängerung. Dort stand es schnell 3:1 für Getafe. Erst in der 115. Minute kamen die Bayern durch Luca Toni zum Anschlusstreffer und in der letzten Minute der Verlängerung schaffte es wiederum Toni den Ausgleich zu erzielen. Somit war man aufgrund der mehr geschossenen Auswärtstore im Halbfinale. In der Winterpause der Saison kündigte Ottmar Hitzfeld bereits an, seinen zum Saisonende auslaufenden Vertrag bei Bayern nicht zu verlängern. Um ihn zu ersetzen, wurde für die neue Saison der ehemalige Spieler Jürgen Klinsmann als neuer Trainer verpflichtet. Mit dem Rekord von acht gewonnenen Meisterschaften und sechs gewonnenen DFB-Pokalen verließ Oliver Kahn den FC Bayern. Kahn gelang es in seiner letzten Saison, den Rekord von Oliver Reck (22 Gegentore in 34 Spielen aus der Saison 1987/88) mit 21 Gegentoren in 34 Spielen zu unterbieten. Nach der Saison wurde er zum Ehrenspielführer des FC Bayern München ernannt. Zu Beginn der Saison 2008/09 stand Michael Rensing als die neue Nummer 1 im Tor der Bayern, verlor seinen Platz jedoch im April 2009 an Hans-Jörg Butt. Zudem wechselten Tim Borowski und der italienische Weltmeister Massimo Oddo zum Rekordmeister. Nach anfänglichen Schwierigkeiten in der Bundesliga gelang es, sich bis zur Winterpause an den Spitzenreiter, den Aufsteiger TSG 1899 Hoffenheim, heranzuarbeiten und punktgleich mit der TSG überwinterte man auf Platz zwei. Nachdem man die Leistungen in der zweiten Hälfte der Saison nicht stabilisieren konnte, musste Jürgen Klinsmann fünf Spieltage vor Schluss seinen Platz räumen und wurde durch Jupp Heynckes als Cheftrainer und dessen Co-Trainer Hermann Gerland ersetzt. Unter dem neuen Trainer konnte sich die Mannschaft mit vier Siegen und einem Unentschieden hinter dem neuen Meister VfL Wolfsburg den zweiten Platz und somit die direkte Qualifikation für die Champions League der Folgesaison sichern. Im DFB-Pokal war man zuvor schon im Viertelfinale gegen Bayer Leverkusen ausgeschieden. In der Champions League konnte man sich im Achtelfinal-Hinspiel bei Sporting Lissabon mit 5:0 durchsetzen und zog nach einem 7:1 im Rückspiel in das Viertelfinale ein; das Gesamtergebnis von 12:1 gegen Sporting bedeutete Champions-League-Rekord. Im Viertelfinale erlebte man jedoch vier Tage nach einem 1:5 in der Bundesliga beim VfL Wolfsburg das von vielen Fans und Medien befürchtete Hinspiel-Debakel beim FC Barcelona: Nach einer 4:0-Pausenführung im Camp Nou schalteten die zuvor schon kaum geforderten Katalanen noch etwas zurück, führten eine ersatzgeschwächte (ohne Lahm, Lucio, van Buyten und Klose) und katastrophal spielende Bayernmannschaft aber weiter vor, ohne ihre großen Chancen in weitere Tore umzumünzen. Nach einem 1:1 im von beiden Mannschaften, besonders aber von Barcelona nicht mit letztem Einsatz geführtem Rückspiel war die Europapokalsaison für den FC Bayern beendet. Kurz nach der Winterpause gab Willy Sagnol auf Grund andauernder Beschwerden im Knie sein Karriereende bekannt. Bis März 2009 hatte der von Los Angeles Galaxy ausgeliehene US-Amerikaner Landon Donovan ein etwas glückloses Gastspiel in München. Den Verein verließen zum Saisonende Lukas Podolski zum 1. FC Köln, Zé Roberto zum HSV und Lúcio zu Inter Mailand. Der vom AC Mailand ausgeliehene Massimo Oddo wurde nicht übernommen.
Gegenwart – Anknüpfen an alte Erfolge
Am 1. Juli 2009 übernahm Louis van Gaal, der in der Vorsaison den AZ Alkmaar zur Niederländischen Fußballmeisterschaft Eredivisie führte, den Posten als Chef-Trainer des FC Bayern. Zugänge zur Saison 2009/10 waren Anatolij Tymoschtschuk von Zenit St. Petersburg, Alexander Baumjohann von Borussia Mönchengladbach, Ivica Oli vom Hamburger SV, Edson Braafheid von FC Twente Enschede. Danijel Pranjić vom SC Heerenveen und Mario Gómez vom VfB Stuttgart. Letzterer ist mit einer Ablösesumme von 30 Millionen Euro der teuerste Transfer der Bundesligageschichte. Zudem kehrte Andreas Görlitz, der an den Karlsruher SC ausgeliehen war, zum FC Bayern zurück. Daneben rückten aus der zweiten Mannschaft Thomas Müller und Holger Badstuber in den Profikader auf. Am 28. August 2009 wurde schließlich der holländische Nationalspieler Arjen Robben von Real Madrid verpflichtet. Am Beginn der Saison versuchte van Gaal nochmals Michael Rensing als Stammtorwart zu installieren. Allerdings konnte dieser abermals nicht überzeugen, so dass er am 5. Spieltag seinen Stammplatz wieder an Hans-Jörg Butt abtreten musste. Das erste Saison-Drittel verlief wenig erfolgreich für den FC Bayern. In der Bundesliga rutschte man zwischenzeitlich bis auf Rang 14 ab und auch das Weiterkommen in der Champions League war gefährdet. Im letzten Spiel der Champions-League-Gruppenphase besiegten die Bayern schließlich am 8. Dezember 2009 Juventus Turin auswärts mit 4:1, wodurch sie doch noch die Endrunde der Champions League erreichen konnten. Daneben gelang es dem FC Bayern in der Bundesliga, bis Mitte Februar 2010 neun Spiele hintereinander zu gewinnen und damit den Rückstand auf den Spitzenreiter Bayer Leverkusen, der zwischenzeitlich a cht Punkte betragen hatte, auszugleichen. Am 24. Spieltag übernahmen die Bayern schließlich die Tabellenführung in der Bundesliga, die sie bis Saisonende nur noch einmal abgaben. Am letzten Spieltag wurde durch einen 3:1-Sieg bei Hertha BSC die 22. Deutsche Meisterschaft perfekt gemacht. Zudem gelang es dem FC Bayern auch ins Finale des DFB-Pokals einzuziehen. Im Berliner Olympiastadion besiegte man am 15. Mai 2010 Werder Bremen mit 4:0 und konnte somit den 15. Pokalsieg verbuchen, was gleichzeitig den insgesamt achten Gewinn des Doubles bedeutete. Darüber hinaus eröffnete sich für die Bayern mit dem Einzug ins Finale der Champions League die historische Chance als erste deutsche Mannschaft das Triple aus Meisterschaft, nationalem sowie internationalem Pokal zu gewinnen. Allerdings verlor man das Finale am 22. Mai 2010 im Estadio Santiago Bernabéu in Madrid gegen Inter Mailand mit 0:2 und verpasste damit den historischen Triumph. Zu Beginn der Saison 2010/2011 konnte der Verein mit einem 2:0 gegen Schalke 04 den von der DFL wiedereingeführten Supercup gewinnen. Während der Einstieg in die Champions League ebenfalls gelang (zwei Auftaktsiege), gab es in der Bundesliga jedoch einen Fehlstart mit nur acht Punkten aus sieben Spielen.
